Джон Шепард захватывает контроль над Жнецами 20 лет назад и становится новым Катализатором. Вместо ожидаемого благополучия и развития началась гражданская война: между Слугами Повелителя, теми, кто был за власть нового Катализатора и Повстанческой армии, тех, кто был против. Война закончилась шесть лет назад, организация Оппозиция, лидер которой Гаррус Вакариан, все еще ведет свою деятельность. Их цель - остановить Шепарда, но не повстанческим способом. Скрытно.

Уже много лет прошло с тех пор, когда Шепард и его команда рисковали своими жизнями для того чтобы спасти галактику, что у них и получилось. Жнецы уничтожены. Кажется, что кроме этой цели их ничего не связывало. "Ложное утверждение", - подметил Мордин, который готовится к человеческому празднику - Рождеству, на котором будут присутствовать лучшие друзья Джона.