Это новая история, братьям предстоит встретить новых врагов и друзей, свою любовь и неизвиданные границы вселенной. Земля снова будет поражена злыми силами и что бы спасти всё живое, черепахам предстоит новое приключение и высшие силы. Все вселенные будут обречены на гибель и если они не смогут спасти свою вселенную, то потеряют всё что было им дорого... В Нью-Йорке появляется множество новых героев, из которых лишь единицы способны спасти планету.