Готэм-сити в опасности и Величайшие герои Вселенных, должны встать на защиту этого мрачного городка.

Сюжет этой истории развивается в альтернативной реальности, где шиноби уже давно заполонили мир, но главное это то, что никакие Сенджу Хаширамы и Учихи Мадары небыли первыми создателями сотни лет назад, и более того, так как их не было в то время, никто и не мог последовать их примеру и создать деревни! Война между кланами шла очень долго, но все же, более прыткие и умные главы кланов, начали постепенно образовывать союзы, что в последствии вылилось в основания деревень. Так обосновалась деревня