Если совсем просто, заменяем канонного, обычного, Синдзи, на Синдзи, который на самом деле Эмия Широ получивший новую жизнь во вселенной Евы. Возможно, Широ получил соответствующее задание, предотвратить местный конец света (третий удар). Тут уже на вашу фантазию.

Ввиду своей нелюдимости, недопонимаемый, побитый обществом подросток в лице Изуку создал себе Тульпу, нечто большее чем воображаемый друг.
Изуку много общается с Тульпой, тем самым привязываясь сам и привязывая себя к ней, всё больше отходя и абстрагируясь от реального мира.
Основной мотив истории ...