Хронология в играх Resident Evil.

Спустя 3 месяца после уничтожения Раккун-сити. 1999 год. Вскоре после прибытия Клэр на остров нападает Вескер при помощи собственных солдат. В результате нападения Т-вирус оказался выпущен на свободу, поэтому большинство военных и заключенных острова либо погибли, либо оказались инфицированы. Один из охранников тюрьмы, Родриго, выпускает Клэр на свободу, но говорит, что у неё нет никаких шансов покинуть проклятое место живой. В тюрьме Клэр пользуется компьютером и отправляет е-мейл Леону, чтобы он сообщил её брату Крису координаты острова. В тюрьме Клэр также встречается с одним из уцелевших — заключенным по имени Стив Бернсайд, который первое время предпочитает действовать самостоятельно. Выбравшись из кишащей зомби и охваченной огнем тюрьмы, Клэр добирается до военного комплекса на острове. Там она встречает Альфреда Эшфорда — начальника базы и потомка одного из основателей "Umbrella". Альфред, оказавшийся не вполне вменяемым человеком и милитаристом, решил, что нападение на остров произошло из-за Клэр, поэтому начинает охоту за ней. Альфред также выпускает против Клэр антропоморфных мутантов-брандерснатчей (побочный результат проекта "Тиран"). Во время первой схватки с мутантами на помощь Клэр приходит Стив, с которым девушка объединяется. Поэтому они начинают двигаться вместе, уничтожая толпы зомби и выбравшихся на свободу B.O.W. При этом Стив был вынужден убить своего собственного отца, зараженного Т-вирусом, чтобы спасти Клэр. Клэр узнает, что под водой рядом с островом есть аэропорт. Однако для активации самолета нужны некоторые детали. В поисках деталей Клэр возвращается в комплекс. Там она встречает Альберта Вескера — бывшего сотрудника "Umbrella" и бывшего начальника Криса из спецотедла S.T.A.R.S.. Вескер считался мертвым, однако оказалось, что он специально подстроил свою смерть, чтобы уйти из корпорации и работать на её конкурентов. И теперь Вескер во главе сил организации HCF напал на остров Рокфорт с целью завладеть вирусом Т-Вероника — творением, разработанным таинственно пропавшей сестрой Альфреда Алексией. Вескер решает оставить Клэр в живых и уходит дальше продолжать свою работу, а Клэр начинает снова исследовать остров в поисках деталей. В кишащей зомби тюрьме Клэр находит медицинскую лабораторию. Клэр узнает, что "Umbrella" казнила и истязала людей на этом острове, используя их как материал для своих экспериментов. При осмотре комплекса Клэр добирается до кишащего брандерснатчами особняка, принадлежавшего Альфреду и его сестре Алексии. Там Клэр обнаруживает Алексию, но вскоре убеждается, что это переодетый Альфред, сошедший с ума и изображающий из себя свою сестру. Альфред убегает и вскоре активирует механизм самоуничтожения комплекса. Клэр и Стив к тому времени собирают все детали и бегут к аэропорту. Далее, пока Клэр пытается запустить замолет, на нее нападает посланный Альфредом серийный тиран, но девушке удается победить его. Клэр и Стив успешно улетает на самолете С-130 с острова, а комплекс на острове взрывается. Тиран успевает проникнуть на самолет, однако Клэр сбрасывает его с самолета. Альфреду также удается выжить после взрыва комплекса. Он улетает на своем истребителе на базу корпорации в Антарктиде. Попутно он дистанционно переключает самолет Клэр и Стива на автопилот и тоже отправляет его на Антарктиду. Клэр и Стив приземляются в подземной лаборатории "Umbrella" в Антарктиде. К тому времени весь персонал уже заражен Т-вирусом, а сбежавшие B.O.W. (мутировавшие бабочки и пауки) устраивают охоту на людей. В лаборатории Клэр узнает и о семье Эшфордов. Как оказалось, Александр Эшфорд, отец Альфреда, решил возродить былое величие рода Эшфордов в лице своих детей Альфреда и Алексии, которые были созданы благодаря слиянию вируса Прародитель с геномом Вероники Эшфорд — далекого предка Эшфордов. В результате Алексия действительно получилась гениальным ребенком. Уже подростком она стала лучшим ученым в корпорации "Umbrella" и создала новый вирус — Т-Вероника (в честь своего предка). Альфред и Алексия сумели узнать, что они были получены искусственно, поэтому в отместку отцу они схватили его и испытали на нем новый вирус. Александр в результате мутировал в существо под названием Носферату, которое позже заперли в лаборатории. Позже Алексия дорабатывает свой вирус и испытывает его на себе. После она погружается в криосон на 15 лет — таков инкубационный период вируса. И именно из-за этого у Альфреда, отличавшегося рабской преданностью к Алексии, началось раздвоение личности. Клэр и Стив решают выбраться из комплекса на вездеходе, а Альфред выпускает на свободу Носферату и лично пытается помешать им. В результате Стив сбрасывает Альфреда с высоты, а позже Клэр побеждает Носферату-Александра. На последнем издыхании Альфред пробуждает свою сестру из криосна и умирает на её руках. Клэр и Стив почти выбираются из полярной станции на вездеходе, но гигантские щупальца, вызванные Алексией, не дают им уйти. Вездеход попадает в аварию... В этот момент Крис прибывает на остров и осматривает остатки комплекса, кишащие мутантами и зомби. От охранника Родриго Крис узнает, что Клэр уже выбралась с острова. Вскоре охранника убивает гигантский мутировавший червь, которого, в свою очередь, убивает Крис. В комплексе Крис вынужден сражаться с Хантерами-II — модифицированными Хантерами, обыскивающими местность и подчиняющимися Вескеру и HCF. Далее Крис встречается с самим Вескером. Вескер, как оказалось, пережил атаку Тирана только потому, что незадолго до этого вколол себе некий вирус, дающий ему сверхспособности, а теперь Вескер полон желания отомстить Крису. В схватке Вескер побеждает Криса, однако сразу же оставляет его, когда убеждается, что Алексия проснулась от криосна. После этого Крис забирает в комплексе еще один истребитель и летит на Антарктиду. Прилетев на Антарктиду, Крис видит, что часть лаборатории корпорации замерзла. Там Крис сражается с зомби, мутировавшими пауками и Хантерами-II (выпущенными Вескером, который уже достиг Антарктиды). В особняке-убежище Алексии Крис находит Клэр. В это время Вескер пытается привлечь Алексию на свою сторону, желая завладеть ее вирусом, однако та, используя силу Т-Вероники, дает ему отпор. Вескер отступает, после чего Крис вынужден был сам сражаться с Алексией и одержать над ней временную победу. Клэр в это время находит в темнице особняка под стражей Стива. Как оказалось, Алексия испытала на нем Т-веронику и тот мутирует в большое мускулистое создание. Стив пытается убить Клэр, однако в последний момент его человеческое сознание берет верх, и он уничтожает гигантские щупальца, схватившие Клэр. Вскоре после этого он сам умирает, перед смертью вернувшись в человескую форму и признавшись в любви Клэр. Крис вводит код для механизма самоуничтожения комплекса: Veronica. После этого он вместе с Клэр пытается выбраться из лаборатории, однако ему мешает Алексия, с которой Крис вынужден сражаться. Алексия начинает терять человеческие формы и вскоре мутирует в насекомоподобное летающее создание, однако Крису удается победить её и уничтожить. Вескер в это время берет в заложники Клэр, чтобы выманить Криса для схватки. В новом столкновении между ними Вескер почти побеждает Криса, однако оказывается задавлен балками. И хотя он выживает, Крису удается скрыться и вместе с Клэр улететь на истребителе. Антарктическая подземная лаборатория "Umbrella" взрывается, однако Вескеру удается выполнить свою миссию, завладев вирусом Т-Вероника из тела Стива. После краха Амбреллы у Спенсера почти не осталось учёных, но, к его счастью, Алекс всё ещё была под рукой, и он незамедлительно поручил ей этот проект, отправив на остров Сонидо де Тортуга, расположенный рядом с Южной Америкой. Он выделил ей и её исследователям много денег, ресурсов и подопытных, веря, что Алекс найдёт ключ к бессмертию. Проведя на острове больше года, Алекс приходит к выводу, что остановить старение с помощью вируса невозможно, и вскоре решает, что пришло время покинуть Спенсера, покидает остров и оставляет его ни с чем. Эта ошеломляющая новость окончательно сломила бодрость духа Спенсера и лишила его всяких надежд на будущее. Последним известным инцидентом с использованием Т-вируса на данный момент является заражение судна корпорации Umbrella в 2002 году.