Прошло три года с тех пор, как окончилась Четвёртая Война Шиноби. Над хрупким миропорядком, казавшимся таким благополучным, начала скручиваться тёмная спираль зловещих предзнаменований. Амегакуре, город, который должен был стать жемчужиной альянса Великих Деревень, вновь может оказаться яблоком раздора. Здесь начинается история наших героев.