Бог Грома был убит. Из-за трудностей, связанных с войной, произошло загрязнение лей-линий, и главная жрица храма кицунэ Сайгу посылает свою ученицу Яэ Мико провести ритуал очищения, чтобы защитить корни священной сакуры по всей Инадзуме. На острове Каннадзука Мико встречает свою старую подругу Уракай, которой удаётся навязать ей двух человеческих близнецов, Макото и Эи. Они втроём отправляются в очистительное паломничество, чтобы узнать правду об убитом Боге и судьбе Инадзумы.