4 года после презентации нового дуэльного диска Кайбы. Повзрослевшему 20-летнему Юги Муто предстоит новое приключение - на этот раз ему придется отправится в Кивотос, город, в котором Сэто планирует основать новую академию дуэлянтов. Но какие тайны скрывает этот таинственный 'проект', населённый неубиваемыми девушками? Почему война накрыла большую часть города? И это что... Головоломка Тысячелетия? Здесь? Вопросов становится все больше, но ответ может быть лишь один: Дуэль!

После выхода обновления 1.9. популярной игры "MiSide" по всему миру прокатилась волна исчезновений подростков. По опросу свидетелей стало ясно, что большинство из них было буквально зависимы от этого приложения и часто отдавали ему предпочтение перед другими играми и занятиями. Дело о пропажах перепоручили загадочному детективу Х, у которого, похоже, есть личные причины участвовать в расследовании. Тем временем, Мива встречает необычного игрока, который требует провести его к ядру...