События разворачиваются после Четвёртой мировой войны шиноби. Какаши Хатаке, ставший Шестым Хокаге, постепенно погружается в воспоминания о войне, службе в АНБУ, и ошибках прошлого. Он справился с утратой Обито, Рин и Минато, но теперь сталкивается с более сложной задачей — раскрыть правду о Корне, устранить остатки его влияния и сохранить политическое равновесие в деревне. Всё осложняется тем, что он начинает узнавать правду о прошлом человека которому он доверял и её роли в операциях Корня.