Осталось ли место для человечества на Земле, стенающей под гнётом Великих Древних? Отец и сын должны решить для себя как выжить в новом мире и при этом не превратиться в монстров.

Можно ли сказать, что раз Вселенная бесконечна, то одна и та же история может однажды в точности повториться? Или же всегда будут присутствовать детали, которые делают эту историю отличной от одной или другой. Так или иначе, для Кайто Массаши началась новая глава в истории его жизни. Теперь он пилот Евангелиона и ему нужно выжить в борьбе с Ангелами, попутно пытаясь найти ответы на пока ещё смутно осознаваемые вопросы...