Сам вижу сею ситуацию весьма туманно, так что описания будет маловато.

Действия разворачиваются спустя парочку лет после окончания академии. Повествование начинается со средины масштабной битвы отряда героев против организации злодеев. Руины, обе стороны измотаны, обе стороны понесли потери, но ...

Сама история на ваше усмотрение. Можете адаптировать каноничную историю "Оно" под мир аниме, или же наоборот. Хотя не хотелось бы видеть как кто-то из лузеров покидает Коноху, а остальные пол века бегают за ним. Такого не нужно.
В идеале было бы придумать какую-то отдельную деревню по мотивам ...