Синдзи Икари прибывает в Токио-3, чтобы стать пилотом Евы. Ожидаемо, его отец не захотел общаться с ним больше необходимого, поэтому Синдзи должен жить один. Мисато Кацураги недовольна таким положением вещей и собирается поселить его у себя. Однако внезапные обстоятельства не дают этому случиться, и Синдзи начинает сближаться с совершенно другим человеком. К чему это в итоге может привести?