Леонардо убивает Супер-Шреддера на горящей крыше его логова (финал 4-го сезона). После этого, надеясь на спокойную и нормальную жизнь. Но жизнь полна сюрпризов, Черепашки попадают в другое измерение.

А что если бы Шреддер TMNT2003 попал в TMNT2012? История начинается с первоначального мира черепах. В Ч’Релла выстреливает луч технодрома, и тот попадет в ИТКИ к Кренгам.

Асока Тано не планировала заводить друзей. Ей нужно было место, где можно спрятаться. Где она могла побыть одной. Место, где Империя не ожидала бы увидеть бывшего джедая. Планета, которая являлась убежищем для охотников за головами, казалась очень подходящей. Там бы ее никто не побеспокоил. Никому не будет дела до еще одной одинокой души.

Что если Каваксас не был самым главным во всей этой истории, что если, он служит кому-то более величественному?

Прошло 2 месяца с того момента, как Леонардо убил Шреддера. После смерти Сплинтера, черепашки убиты горем, в особенности Лео. Он становится чересчур жёстким и хладнокровным. (Как Лео 2003 в 4м сезоне) К Лео является призрак Сплинтера, который направляет лидера и остальных, к своему старому другу "Старейшему" - Мастеру Фу, который может помочь и духовно исцелить ребят, особенно Леонардо. Монарх(Бражник) повержен. Неизвестный(ая) завладел(а) его талисманом, смогут ли наши герои помешать злу?