Лео как лидеру очень трудно, братья все жалуются на него , тренировки изматывают, а самые большие моралые раны наносит Рафаэль ломая бедного старшего брата. Это главное условие,дальше все идёт в руки автора.

Тут все происходит несколько иначе:
Во время того когда черепашки-ниндзя были еще детьми, Леонардо потерялся и в итоге его подобрал клан футовец решив что это будет неплохой игрушкой для господина (Шреддера).
Из-за этого она его возненавидела. Годы шли и пришло время выйти наружу. Леонардо ...

Сюжет просто как в мультике,но можно его изменить по своему.