Прошел один год после победы над Альфа-Цефом Пророком. Угроза цефалоподов миновала. Однако Лоуренс Барнс в этом не так уверен. Тем временем на Земле альтернативной вселенной Аликс Вэнс и Гордон Фримен добираются до экспериментального корабля Борей, где находят оружие, способное управлять пространством и временем, за которым также охотится Альянс. Оружие дает сбой, и они оказываются в совершенно незнакомом для себя мире...