Кайба Сето, услышал о таинственных "Картах Богов" и решает найти их и завладеть всеми, чтобы одержать верх над Юги. В то же время в повседневную жизнь героев неожиданно присоединяется девочка по имени Усаги, которая ищет Серебряный Кристалл. Противостоять войном будет Клан Чёрной Луны, которые тоже желают завладеть Серебряным Кристаллом и уничтожить город будущего. Параллельно с этим начинается новый турнир и охота за "Картами Богов".

После того как Кайба Сето разоблачает коварный заговор бывших членов совета директоров, они решают превратить его в жертву и запечатать его в виртуальном мире игры. Узнав о судьбе своего друга, Юги, Усаги и их верные соратники собираются, чтобы сплотиться перед лицом опасности. Решив выручить Сето, они проникают в мир игры, где им предстоит столкнуться с не только иллюзиями и ловушками, но и с самими страхами Сето, которые материализуются в виде мощных противников.

После победы над своими врагами, Сето Кайбой, в игре Duel Monsters и двумя странствующими Эйлом и Анной, к Юги и Усаги обращается Пегас Дж. Кроуфорд, создатель Duel Monsters, который использует силу другого Предмета Тысячелетия, Глаза Тысячелетия, чтобы похитить душу дедушки Юги и семьи Усаги. Вместе со своими друзьями Юги и Усаги участвуют в турнире Королевства дуэлянтов Пегаса, чтобы победить Пегаса и освободить души дедушки и семьи Усаги.

Сейлор Мун получает новую брошь с Серебряным кристаллом от духа Королевы Селены и вместе с остальными борется с загадочными Эйлом и Анной, которые прилетели на Землю в поисках нового дома.

Давным - давно, когда пирамиды были ещё молоды, а Лунное Королевство процветало, правители забавлялись тем что устраивали между собой магические поединки, которые получили название Игра Теней. Это привело к освобождению огромной тёмной энергии, способной уничтожить весь мир. Тогда могущественный фараон и его возлюбленная принцесса Луны, заточили эту силу внутри тысячелетних артефактах.