История повествует о парне по имени Ник, который потерял память и очнулся посреди Нью-Йорка, каким он стал после событий "Prototype 2". Ему предстоит выбраться из разрушенного города и не допустить появление на свет новых штампов "чёрного света". Удастся ли ему это? С какими врагами ему придётся столкнуться и скольких славных людей потерять? Кем он станет в итоге?