Первая часть корни погружает читателя в бурное время становления великих шиноби. В центре сюжета — Керай Хаяши, ученик Кушины Узумаки, получивший прозвище "Мидори но Акума" за свои смертоносные навыки и лесные техники. После катастрофической миссии, оставившей его одного на вражеской территории, Керай вынужден выживать в условиях партизанской войны.