Рен случайно встречает Первихико, вернувшегося в наш мир, и понимает, что влюблен по настоящему.

Действие происходит в 2040 году, через 10 лет после событий, описанных в манге и GITS SAC. Шефа Арамаки уже нет в живых, Кусанаги работает начальником отдела особых поручений в министерстве юстиции, ей поручают расследование множественных утечек государственных секретов, которые ставят ее в тупик, но тут впервые за много лет с ней на связь выходит Аой - Смеющийся человек, им придется банально спасти человечество, сразившись с чуждым разумом...