Прошло два года года с того момента как война против Мадары закончилась. И многое изменилось, больше всего изменился главный герой. Гиперактивность, глуповатость, нетерпение были заменены более взрослыми качествами. Так сложилось, что Наруто больше не желает стать Хокаге, теперь у него другая цель, ради которой он сможет изменить не только Коноху но и весь мир. Тайны и интриги, сражения и переговоры, всё это и многое другое теперь являются просто ступеньками к воплощению новой мечты.

Хацуме Мей, вдохновленная загадочной личностью, создает устройство с загадочной функцией. Вскоре становится известным тот факт, что оно позволяет увидеть параллельные миры, и это оказывает положительное воздействие на окружающих. Не только можно исследовать разные реальности, но и пересечься с собственными альтернативными версиями, получив от них ценные наставления. Директор Учебной академии видит в этом потенциал, который принесет пользу не только главному герою, но и всем ученикам-героям.