У Харитона есть дочь - Захарова Василиса Харитоновна. Отношения между отцом и дочерью были очень натянутыми, а потому, выпустившись из школы со средним образованием, уехала в другую область поступать в Гидрометеорологический техникум. В свою очередь Харитон позволил дочери уехать, ибо не видел смысла спорить с ней. За день до своей смерти, Харитон, будто предвидя, сказал Сеченову: - Если со мной что-то случится, позаботься о моей дочери.