После трагической потери Рин, Обито Учиха, вместо того чтобы погрузиться в тьму, решает остаться верным своему пути, чтобы отыскать лучик света в безнадёжном мире ниндзя. В тени этого мира набирает силу тайная организация шиноби, чья цель - радикально изменить мир, освободив его от цепей прошлого и правителей-самодуров. Сможет ли Обито найти баланс между своими принципами и ужасающей силой, или же он устремится на путь собственного разрушения? Будущее мира теперь зависит от выбора одного шиноби.