События происходят после смерти учителя Сплинтера и победой над Шередором. Микки замечает, что в Нью-Ёрке происходит, что-то страное. Но его братья ему как всегда не верят, ведь в городе все спокойно. И поэтому Микеланджело решил сам разобраться и доказать самому себе ну и братьям, что он прав. Но Микки даже не думал, что из-за этого на него свалиться огромная ответственность.