После падения Мудзана и распада организации убийц демонов, Япония, наконец, обрела мир... или так казалось. Но в тени рушащейся эпохи Мэйдзи в страну начинают стекаться монстры и сущности, которых никто не звал. Демоны из Европы, порождения древних религий и кланов, прибывают на чужую землю, стремясь захватить новую территорию.

В далёком прошлом Кагуя, разочаровавшись в человечестве, забирает дар чакры обратно и покидает Землю, оставив мир без своего благословения — но не без последствий. В финале битвы с ней, Наруто и Саске случайно выпускают технику в наш современный мир. Всплеск энергии проникает в тела их юных версий и их семей, запуская перерождение сил в новом мире. Никто ничего не замечает — но всё уже изменилось.