Ученица двух санинов

Наруто встречается с Нагато, который в последний раз пытается схватить его, но в своей измождённой форме не может превзойти Наруто. Наруто говорит, что хоть и не может простить Нагато за его преступления, он хочет поговорить с ним прежде чем решит что делать дальше. Поскольку они оба были учениками Джирайи, Наруто спрашивает у Нагато, почему тот полностью отказался от воззрений Джирайи относительно мира. Заинтересованный в том, как сильно мнение Наруто отличается от его собственного, Нагато рассказал как шиноби Скрытого Листа убили его беззащитных родителей, когда он был ребёнком. Переполненный скорбью, Нагато пробудил свой Риннеган, чтобы отомстить. После смерти своих родителей Нагато забрёл в Деревню Скрытого Дождя в поисках пищи, что было в дефиците в условиях продолжающейся Второй Мировой Войны Шиноби. Когда он был на грани голодной смерти, его нашли товарищи по несчастью — сироты войны Яхико и Конан. Они спасли его и стали своего рода семьёй, однако не могли сбежать от ужасных реалий войны. Расстроенный непрекращающимися смертями, Яхико поклялся однажды править миром, чтобы установить мир. Эту идею также воспринял и Нагато.После Второй Мировой Войны Шиноби Джирайя начал обучение Сирот Дождя. Хотя отчасти это делалось для того, чтобы помочь им позаботиться о себе, также было необходимо научить Нагато пользоваться Риннеганом. Поскольку Джирайя желал мира, он надеялся, что Нагато, имеющий те же глаза, что и Мудрец Шести Путей, сможет объединить мир как это сделал Мудрец. Когда Джирайя оставил их, Нагато и другие сироты также приняли это стремление и использовали свои юношеские годы, проповедуя о завершении войны. Ханзо, лидер Скрытого Дождя, углядел в этом угрозу своему правлению и похитил Конан. Затем он вынудил Нагато сделать выбор: убить Яхико или принести Конан в жертву. Для того, чтобы Нагато не пришлось выбирать, Яхико убил себя и доверил Нагато их мечты о мирном будущем. Потеряв друга, Нагато пришёл к тому, что дипломатия бесполезна на пути к достижению мира. Когда Яхико, очевидный лидер искателей мира из Скрытого Дождя, погиб, Ханзо попытался ликвидировать и Конан с Нагато. Нагато защитил Конан, призвав Демоническую Статую Внешнего Пути и связавшись с ней. Впоследствии он убил людей Ханзо и также попытался убить самого Ханзо, однако Ханзо сбежал. Нагато оборвал связи с Деревней Скрытого Дождя и взял себе прозвище Пейн, определив путь к миру через мировое господство. Его история закончилась и он спросил, что бы на его месте сделал Наруто. Наруто ответил, что полностью понимает логику действий Нагато, однако не может принять её. Придерживаясь стремлений Джирайи, Наруто приходит к тому, что решение не убивать Нагато станет первым шагом к достижению мира.