Главный герой - двурог, последний из своей расы, что была обречена до конца жизни оберегать барьер, защищающий Эквестрию от ужасов пустоты. Зная, что магическая преграда слабеет, Селестия продолжает скрывать правду от всех пони, в надежде, что ее ученица вскоре восстановит гармонию, поддерживающую силы барьера. Понимая, что Селестия бездействует, герой, приходит к выводу, что Эквестрии нужен новый правитель, что сможет принять необходимые меры.

Главный герой, в результате неудавшегося эксперимента, переносится из мрачного и угрюмого мира в яркую и загадочную страну Эквестрию. Как оказывается, его там ждал отнюдь не теплый прием. Герою истории, за которым будет охотиться "карательный" отряд под предводительством Твайлайт Спаркл, предстоит узнать - почему людям здесь не рады...

Не всем в Эквестрии пришлись по душе люди, коих великодушная Селестия приютила в своем райском уголке. Не желая мириться с тем злом, что человечество принесло с собой в их мир, ее сестра собрала сторонников, с которыми она готова даже ценой кровопролития гнать двуличных двуногих за порог. Как оказалось, даже среди ненавистных людей нашлись те, кто поддержали принцессу ночи и встали на защиту невинности Эквестрии.

Твайлайт находит странную книгу под названием "Проект Оверлоад". Завороженная работою странного автора она с жадностью читает записки о его "экспериментах". Однако, со временем она понимает, что все "пациенты" странного доктора - есть простые пони, которым не посчастливилось встретиться с одержимым ученым. Но по-настоящему жутко становится тогда, когда Твайлайт узнает, что она является заключительной частью его эксперимента.