События разворачиваются после свержения Ханзо Саламандры. Сюжет в основном рассказывает о создании шести путей Пейна, а также об Амегакуре и ее жителях. В центре сюжета, помимо основных персонажей, находятся главный врач деревни по имени Сатору, а также его ученица Кид. Сатору и Кид — одни из немногих, кто видел лидера деревни в лицо и, возможно, единственные, кто смогут разгадать загадку, непостижимую даже для Нагато — почему были созданы шесть путей Пейна и есть ли иной путь у Страны Дождя?