После того, как схлопнулись последние порталы, и Альянс начал собирать под собой власть - Сопротивление тоже не дремало. Несколько городов оказались под давлением сопротивления, и оказались ими забраны. 5 лет до появления Фримена, у сопротивления кончились припасы... На поиск их отправляет двух друзей, которые должны найти их в течении 15 дней.

После безуспешных попыток колонизировать планету, Земля перестала как либо поддерживать связь с колониями, теперь планета и люди на ней стали предоставлены самим себе. Колония М-105 пережила почти все "волны безумия", и стала последним пристанищем экспедиции на планете. Последний командир отряда военных Полковник Зак Оатхерт, медленными шажками ведет своих солдат прямиком из загнивающей колонии к заброшенной электро-станции, захваченной мусорщиками.