Мотоко Кусанаги возвращается в звании полковника на службу спустя пять лет после своей официальной пропажи. Сотрудники девятого отдела шокированы сложившимся поворотом событий, однако работа от этого никуда не девается - на них снова наваливается сразу несколько серьезных дел, требующих как можно более скорой реакции. Кто-то из ученых злоупотребляет полномочиями, проводя ведущие к катастрофе эксперименты, а за близкими людьми сотрудников начинается охота...

- Подключись ко мне, - оборвала она его, и положила провод на середину кровати, так и не обернувшись. - Зачем? - Хочу заняться с тобой сексом, - будничным тоном, будто предлагала пойти перекусить, ответила Мотоко.

Девятый отдел - не самое простое место при условии, что среди сотрудников по факту всего один или два живых человек, а все остальные - элитные киборги, в большинстве своем мужского пола. От того даже чье-то предположение о возможной беременности кого-то из сотрудников вызывает волну сплетен между всеми: начиная от татиком и заканчивая Арамаки. А уж если речь не просто о ком-то, а о самой Майоре Кусанаги...

Она могла бы исправить это в себе. Могла бы попросить сделать ее модель физически не чувствительной.

Серия финансовых махинаций выводит Девятый отдел на старую сеть нелегальных поставок оружия, исчезнувших программ и призраков прошлых операций. Пока Кики - дочь Мотоко и Бато - взрослеет, путаясь между любовью, долгом и правом быть собой, каждый в отделе сталкивается со своей болью, и одно расследование постепенно превращается в историю о семье, памяти, утрате и цене выбора.

Бато - всегда тот, кто помогает. Он привык к своей роли и, более того, привык к тому, что сам в помощи не нуждается. Когда дело касается его старых товарищей по службе в армии, за расследование он берется в одиночку. Однако, девятый отдел слишком много лет проработал вместе, чтобы теперь оставить его с этим один на один. Из-за призраков далекого и казавшегося забытым прошлого, Бато начинает иначе смотреть на свое настоящее, в особенности на отношения с Майором Кусанаги.

- Это не то, о чем ты думаешь, - Мотоко снова отрицательно покачала головой и ее черные волосы качнулись следом за слегка заторможенной мимикой лица. - Его интерес ко мне такой же, как интерес к хорошему оружию. Хобби у него такое. Коллекционирует.